تحوز الحدائق اليابانية على جمال متفرد مأخوذ من تنسيق وتمازج عناصر مختلفه فهنالك جمال مأخوذ من انسجام النبات الطبيعي الياباني مع تعاقب الفصول بالإضافة إلى الجمال الرمزي المنبعث من تعبير واعتقادات الشنتو. يمكن العثور على هذه الحدائق في بعض البيوت التقليدية اليابانية، في الحدائق العمومية، في المعابد البوذية والمزارات الشنتوية، وفي بعض القصور القديمة. تعتبر حدائق الزن هي الأشهر على الإطلاق في اليابان
تتألف الحدائق اليابانية من عدة عناصر وهذه أهمها:
الماء: وهو العنصر الأساسي في تركيبة الحدائق اليابانية، يساهم في إعادة إبراز مظاهر الطبيعة. يمثل الماء في الفلسفة الشرقية عملية التجدد، السكون والاستمرارية في العالم الآخر. تشيّد بعض الحدائق، على غرار حدائق سانسوئي، على درجات مختلفة الارتفاع للسماح للمياه بالتدفق. تتعد مظاهر الماء في الحدائق، بعضها يتجمع في الأحواض، بعضها يتدفق في الجداول، وبعضها الآخر ينصب في الشلالات. يساهم الماء المتدفق في ترطيب الجو أثناء فصل الحر. يتم توجيه الأحواض، البرك والشلالات حسب زاوية معينة، حتى تنعكس أشعة الشمس عليها. يحب البعض أن يشبه الربوة المنتصبة في الحديقة بالإمبراطور، الماء برجال البلاط المتزلفين والصخور بالجند القائمين على رأس الإمبراطور والذين يحاولون عبثا صد هؤلاء المتزلفين عنه.
الصخرة: تولي الفلسفة الشرقية اعتناء خاصا بهذا العنصر. تمثل الصخور حالة الدوام والاستمرارية، كما يتجلى عبرها حضور قوى الطبيعة، تقوم بتثبيت الحديقة في الأرض وتعطي لها طابعا مميزا. تعطي الصخور للحديقة معالم وأبعاد إضافية، يمكن عن طريقها أن تتشكل الشلالات، الجداول والبرك. تحترم العقيدان الشنتوية والبوذية كل مظاهر الحياة، ولا تفرق بين الإنسان والطبيعة. فالصخرة لها رأس، رجل وبطن، وقد تكون في أوضاع مختلفة، منتصبة أو منبطحة، لا يجب على الإنسان أن يجبرها على شيء من ذلك. يتم اتباع طريقة خاصة عند وضع الصخور، ترتب حسب أشكالها، أحجامها وألوانها (يحضر وضع الصخور الحمراء في ناحية الشمال، ولا زرقاء اللون في الغرب، ولا البيضاء في الشرق ولا السوداء في الجنوب)، عادة ما توضع على شكل أزواج من شكلين مختلفين (إحداهما تمثل الرجولة والأخرى الأنوثة). يجب أن تتم محاكاة الطبيعة بأفضل شكل ممكن عند وضعها وتجنب رصها جنبا إلى جنب حتى لا يتم تعكير صفو تناغم هذا المجسم المصغر للكون (الحديقة). 
